Task

Title: Up to 255 characters

Initial structure type:

Stiffness: Values between 0 and 100 are suitable for most cases.

Spherical container: Diameter of container in σ (bead diameter) units. Leave empty for modelling without this constraint.

Refinement: May significantly extend computation time.

Excluded volume: Check to include ev term

Number of beads: The limits are: 5 - 2000

Resolution: Values between 1000 - 100 000 are usually reasonable and strongly depend on size of modelling region

Restraints:

Region: Genomic region in format chrN:xxx-yyy

Interactions: chr2 203502218 203503158 chr2 204608570 204609319 5 chr2 203643211 203644311 chr2 204606062 204606636 6 chr2 203758308 203759182 chr2 204603125 204605151 5 chr2 203784120 203785099 chr2 204603125 204605151 5 chr2 203811803 203813282 chr2 204586828 204587985 5 chr2 203815993 203816618 chr2 204575221 204576037 5 chr2 203865455 203866565 chr2 204596033 204596816 6 chr2 204124095 204124383 chr2 204575221 204576037 6 chr2 204148508 204148973 chr2 204575221 204576037 5 chr2 204157021 204157674 chr2 204608570 204609319 6 chr2 204175414 204176201 chr2 204579944 204580153 7 chr2 204192609 204194097 chr2 204596033 204596816 6 chr2 204192609 204194097 chr2 204603125 204605151 5 chr2 204192609 204194097 chr2 204605534 204606061 10 chr2 204194168 204194452 chr2 204606062 204606636 6 chr2 204276820 204277484 chr2 204569377 204570785 5 chr2 204290521 204292253 chr2 204608570 204609319 6 chr2 204313473 204313768 chr2 204575221 204576037 5 chr2 204315472 204317016 chr2 204603125 204605151 5 chr2 204319251 204320335 chr2 204584317 204585568 5 chr2 204320683 204321422 chr2 204581808 204582314 6 chr2 204326193 204326612 chr2 204580436 204580943 6 chr2 204326613 204327698 chr2 204569377 204570785 5 chr2 204326613 204327698 chr2 204580944 204581656 6 chr2 204334043 204334806 chr2 204609551 204611005 8 chr2 204334892 204335275 chr2 204603125 204605151 5 chr2 204342461 204342819 chr2 204586828 204587985 8 chr2 204343450 204344984 chr2 204576691 204579057 7 chr2 204344985 204345669 chr2 204576691 204579057 7 chr2 204349022 204349902 chr2 204586046 204586401 6 chr2 204349022 204349902 chr2 204594196 204594892 8 chr2 204349022 204349902 chr2 204594955 204595646 8 chr2 204349903 204350940 chr2 204585569 204585898 6 chr2 204349903 204350940 chr2 204586828 204587985 5 chr2 204353261 204353622 chr2 204603125 204605151 5 chr2 204353800 204354761 chr2 204603125 204605151 5 chr2 204356002 204356346 chr2 204596856 204597178 6 chr2 204357040 204358494 chr2 204603125 204605151 8 chr2 204362115 204362460 chr2 204609551 204611005 8 chr2 204362609 204363578 chr2 204576691 204579057 6 chr2 204362609 204363578 chr2 204586828 204587985 5 chr2 204362609 204363578 chr2 204609551 204611005 8 chr2 204363967 204364220 chr2 204580436 204580943 6 chr2 204365553 204366485 chr2 204603125 204605151 7 chr2 204368170 204368643 chr2 204594196 204594892 5 chr2 204369698 204371173 chr2 204576691 204579057 6 chr2 204375010 204376610 chr2 204584317 204585568 7 chr2 204375010 204376610 chr2 204603125 204605151 7 chr2 204379515 204380708 chr2 204598004 204599151 8 chr2 204384301 204384965 chr2 204599152 204599791 6 chr2 204389284 204391223 chr2 204609551 204611005 8 chr2 204392298 204392720 chr2 204586828 204587985 5 chr2 204397500 204398826 chr2 204581808 204582314 6 chr2 204397500 204398826 chr2 204594196 204594892 8 chr2 204400610 204400909 chr2 204598004 204599151 5 chr2 204400910 204401568 chr2 204574556 204575220 5 chr2 204400910 204401568 chr2 204576691 204579057 6 chr2 204400910 204401568 chr2 204580944 204581656 6 chr2 204402592 204402834 chr2 204574556 204575220 5 chr2 204403202 204404537 chr2 204584317 204585568 7 chr2 204403202 204404537 chr2 204607595 204607813 6 chr2 204408028 204408339 chr2 204598004 204599151 7 chr2 204411739 204412058 chr2 204596033 204596816 5 chr2 204412147 204413096 chr2 204580944 204581656 5 chr2 204413097 204413511 chr2 204608026 204608211 6 chr2 204416036 204418799 chr2 204576691 204579057 6 chr2 204416036 204418799 chr2 204579058 204579555 8 chr2 204416036 204418799 chr2 204579556 204579720 6 chr2 204416036 204418799 chr2 204586828 204587985 10 chr2 204416036 204418799 chr2 204608570 204609319 5 chr2 204416036 204418799 chr2 204609551 204611005 7 chr2 204420452 204421278 chr2 204579556 204579720 6 chr2 204422243 204422524 chr2 204581808 204582314 5 chr2 204423609 204424237 chr2 204585569 204585898 6 chr2 204425138 204425310 chr2 204580944 204581656 5 chr2 204427194 204427800 chr2 204570962 204571269 6 chr2 204427194 204427800 chr2 204586046 204586401 6 chr2 204427194 204427800 chr2 204603125 204605151 7 chr2 204427807 204428440 chr2 204568393 204568919 5 chr2 204429612 204430649 chr2 204576691 204579057 5 chr2 204429612 204430649 chr2 204586046 204586401 6 chr2 204429612 204430649 chr2 204599152 204599791 6 chr2 204431089 204431525 chr2 204583708 204584014 6 chr2 204431702 204431859 chr2 204579058 204579555 5 chr2 204432442 204434041 chr2 204608570 204609319 5 chr2 204434042 204435714 chr2 204570962 204571269 5 chr2 204439026 204439682 chr2 204576691 204579057 5 chr2 204441015 204441609 chr2 204580436 204580943 5 chr2 204443172 204443395 chr2 204585569 204585898 5 chr2 204447251 204447645 chr2 204608570 204609319 5 chr2 204449391 204450177 chr2 204606062 204606636 5 chr2 204453528 204454104 chr2 204576038 204576375 5 chr2 204453528 204454104 chr2 204605534 204606061 5 chr2 204455639 204456422 chr2 204608373 204608569 6 chr2 204458024 204459355 chr2 204582506 204583619 6 chr2 204458024 204459355 chr2 204605534 204606061 5 chr2 204461564 204462374 chr2 204603125 204605151 8 chr2 204462920 204463403 chr2 204605534 204606061 8 chr2 204464023 204464605 chr2 204584015 204584212 5 chr2 204464023 204464605 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204466725 204467792 chr2 204606062 204606636 5 chr2 204467793 204469521 chr2 204576691 204579057 8 chr2 204467793 204469521 chr2 204596033 204596816 7 chr2 204470150 204471201 chr2 204596856 204597178 5 chr2 204471202 204473963 chr2 204571270 204573018 7 chr2 204471202 204473963 chr2 204576691 204579057 7 chr2 204471202 204473963 chr2 204582506 204583619 5 chr2 204471202 204473963 chr2 204584317 204585568 6 chr2 204471202 204473963 chr2 204586046 204586401 5 chr2 204471202 204473963 chr2 204596856 204597178 5 chr2 204476581 204479192 chr2 204571270 204573018 5 chr2 204476581 204479192 chr2 204576691 204579057 6 chr2 204476581 204479192 chr2 204582506 204583619 5 chr2 204476581 204479192 chr2 204597179 204597860 7 chr2 204481327 204481780 chr2 204598004 204599151 6 chr2 204486545 204487358 chr2 204569377 204570785 7 chr2 204487926 204489190 chr2 204599152 204599791 7 chr2 204489530 204490925 chr2 204580944 204581656 7 chr2 204490926 204492599 chr2 204603125 204605151 11 chr2 204493863 204495126 chr2 204603125 204605151 9 chr2 204499646 204500666 chr2 204576691 204579057 5 chr2 204499646 204500666 chr2 204597179 204597860 8 chr2 204513095 204513326 chr2 204581808 204582314 6 chr2 204515805 204516463 chr2 204571270 204573018 5 chr2 204515805 204516463 chr2 204598004 204599151 5 chr2 204518440 204518851 chr2 204609551 204611005 5 chr2 204520484 204521705 chr2 204575221 204576037 6 chr2 204520484 204521705 chr2 204576691 204579057 5 chr2 204520484 204521705 chr2 204579058 204579555 7 chr2 204522170 204522887 chr2 204598004 204599151 5 chr2 204522888 204523640 chr2 204579058 204579555 5 chr2 204525092 204525673 chr2 204581808 204582314 5 chr2 204525092 204525673 chr2 204609551 204611005 7 chr2 204526976 204528500 chr2 204576691 204579057 6 chr2 204526976 204528500 chr2 204599152 204599791 6 chr2 204526976 204528500 chr2 204609551 204611005 7 chr2 204529798 204530763 chr2 204574556 204575220 6 chr2 204529798 204530763 chr2 204598004 204599151 6 chr2 204529798 204530763 chr2 204606062 204606636 6 chr2 204535647 204536131 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204538110 204539668 chr2 204569377 204570785 5 chr2 204538110 204539668 chr2 204571270 204573018 6 chr2 204538110 204539668 chr2 204583708 204584014 5 chr2 204538110 204539668 chr2 204584317 204585568 6 chr2 204538110 204539668 chr2 204598004 204599151 7 chr2 204538110 204539668 chr2 204608570 204609319 7 chr2 204539767 204541001 chr2 204569377 204570785 5 chr2 204539767 204541001 chr2 204586046 204586401 5 chr2 204542775 204544198 chr2 204608570 204609319 5 chr2 204544763 204545783 chr2 204603125 204605151 8 chr2 204555774 204557531 chr2 204569377 204570785 8 chr2 204555774 204557531 chr2 204571270 204573018 5 chr2 204555774 204557531 chr2 204584317 204585568 5 chr2 204555774 204557531 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204568393 204568919 chr2 204569004 204569132 36 chr2 204568393 204568919 chr2 204569133 204569360 13 chr2 204568393 204568919 chr2 204569377 204570785 6 chr2 204568393 204568919 chr2 204597179 204597860 5 chr2 204569004 204569132 chr2 204569377 204570785 11 chr2 204569133 204569360 chr2 204569377 204570785 69 chr2 204569133 204569360 chr2 204679643 204681853 12 chr2 204569377 204570785 chr2 204570962 204571269 14 chr2 204569377 204570785 chr2 204571270 204573018 7 chr2 204569377 204570785 chr2 204574556 204575220 7 chr2 204569377 204570785 chr2 204661097 204662607 5 chr2 204569377 204570785 chr2 204663396 204664180 5 chr2 204569377 204570785 chr2 204665531 204667029 5 chr2 204569377 204570785 chr2 204667107 204667758 5 chr2 204569377 204570785 chr2 204679643 204681853 8 chr2 204569377 204570785 chr2 204687233 204688323 6 chr2 204571270 204573018 chr2 204573108 204573618 32 chr2 204571270 204573018 chr2 204573619 204574336 5 chr2 204571270 204573018 chr2 204574556 204575220 8 chr2 204571270 204573018 chr2 204575221 204576037 9 chr2 204571270 204573018 chr2 204576691 204579057 9 chr2 204571270 204573018 chr2 204580944 204581656 6 chr2 204571270 204573018 chr2 204594196 204594892 5 chr2 204571270 204573018 chr2 204599152 204599791 6 chr2 204571270 204573018 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204571270 204573018 chr2 204608570 204609319 6 chr2 204571270 204573018 chr2 204631813 204632450 5 chr2 204571270 204573018 chr2 204646121 204648206 6 chr2 204571270 204573018 chr2 204669486 204669757 5 chr2 204571270 204573018 chr2 204673635 204674755 5 chr2 204571270 204573018 chr2 204676818 204678073 6 chr2 204571270 204573018 chr2 204679643 204681853 11 chr2 204573619 204574336 chr2 204574556 204575220 19 chr2 204573619 204574336 chr2 204576691 204579057 5 chr2 204574556 204575220 chr2 204576691 204579057 11 chr2 204574556 204575220 chr2 204579058 204579555 6 chr2 204574556 204575220 chr2 204580436 204580943 6 chr2 204574556 204575220 chr2 204580944 204581656 7 chr2 204574556 204575220 chr2 204646121 204648206 7 chr2 204574556 204575220 chr2 204648383 204649077 5 chr2 204575221 204576037 chr2 204576376 204576475 10 chr2 204575221 204576037 chr2 204576691 204579057 12 chr2 204575221 204576037 chr2 204580944 204581656 6 chr2 204575221 204576037 chr2 204623706 204626803 6 chr2 204575221 204576037 chr2 204676122 204676817 5 chr2 204575221 204576037 chr2 204679643 204681853 5 chr2 204575221 204576037 chr2 204682782 204684150 6 chr2 204576038 204576375 chr2 204576476 204576690 34 chr2 204576038 204576375 chr2 204576691 204579057 14 chr2 204576038 204576375 chr2 204676818 204678073 7 chr2 204576376 204576475 chr2 204576691 204579057 28 chr2 204576691 204579057 chr2 204579721 204579819 5 chr2 204576691 204579057 chr2 204580154 204580435 7 chr2 204576691 204579057 chr2 204580436 204580943 11 chr2 204576691 204579057 chr2 204580944 204581656 12 chr2 204576691 204579057 chr2 204581808 204582314 9 chr2 204576691 204579057 chr2 204582506 204583619 12 chr2 204576691 204579057 chr2 204584317 204585568 9 chr2 204576691 204579057 chr2 204586046 204586401 5 chr2 204576691 204579057 chr2 204586828 204587985 8 chr2 204576691 204579057 chr2 204594196 204594892 6 chr2 204576691 204579057 chr2 204596033 204596816 8 chr2 204576691 204579057 chr2 204596856 204597178 5 chr2 204576691 204579057 chr2 204623706 204626803 9 chr2 204576691 204579057 chr2 204646121 204648206 10 chr2 204576691 204579057 chr2 204661097 204662607 5 chr2 204576691 204579057 chr2 204665531 204667029 5 chr2 204576691 204579057 chr2 204667107 204667758 6 chr2 204579058 204579555 chr2 204579721 204579819 37 chr2 204579058 204579555 chr2 204579820 204579943 13 chr2 204579058 204579555 chr2 204580944 204581656 5 chr2 204579058 204579555 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204579058 204579555 chr2 204623706 204626803 6 chr2 204579058 204579555 chr2 204638879 204641238 5 chr2 204579058 204579555 chr2 204679643 204681853 9 chr2 204579058 204579555 chr2 204773581 204775106 6 chr2 204579556 204579720 chr2 204579820 204579943 43 chr2 204579556 204579720 chr2 204579944 204580153 18 chr2 204579721 204579819 chr2 204579944 204580153 24 chr2 204579820 204579943 chr2 204580154 204580435 23 chr2 204579944 204580153 chr2 204580436 204580943 6 chr2 204580436 204580943 chr2 204582506 204583619 9 chr2 204580436 204580943 chr2 204586828 204587985 6 chr2 204580436 204580943 chr2 204596033 204596816 6 chr2 204580436 204580943 chr2 204673635 204674755 9 chr2 204580944 204581656 chr2 204581808 204582314 20 chr2 204580944 204581656 chr2 204582506 204583619 6 chr2 204580944 204581656 chr2 204644499 204645299 6 chr2 204580944 204581656 chr2 204673635 204674755 7 chr2 204581808 204582314 chr2 204582389 204582505 94 chr2 204581808 204582314 chr2 204582506 204583619 36 chr2 204582506 204583619 chr2 204583708 204584014 34 chr2 204582506 204583619 chr2 204584317 204585568 5 chr2 204582506 204583619 chr2 204586046 204586401 6 chr2 204582506 204583619 chr2 204603125 204605151 5 chr2 204582506 204583619 chr2 204646121 204648206 5 chr2 204582506 204583619 chr2 204661097 204662607 6 chr2 204582506 204583619 chr2 204665531 204667029 7 chr2 204582506 204583619 chr2 204672370 204673572 6 chr2 204584015 204584212 chr2 204584317 204585568 45 chr2 204584317 204585568 chr2 204585899 204586045 10 chr2 204584317 204585568 chr2 204586828 204587985 6 chr2 204584317 204585568 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204584317 204585568 chr2 204609551 204611005 5 chr2 204584317 204585568 chr2 204654784 204656414 9 chr2 204584317 204585568 chr2 204672370 204673572 13 chr2 204585569 204585898 chr2 204586046 204586401 25 chr2 204585569 204585898 chr2 204603125 204605151 5 chr2 204585899 204586045 chr2 204676818 204678073 5 chr2 204586046 204586401 chr2 204586501 204586827 35 chr2 204586046 204586401 chr2 204586828 204587985 5 chr2 204586046 204586401 chr2 204613517 204614511 5 chr2 204586501 204586827 chr2 204623706 204626803 9 chr2 204586828 204587985 chr2 204596033 204596816 7 chr2 204586828 204587985 chr2 204599152 204599791 6 chr2 204586828 204587985 chr2 204638879 204641238 7 chr2 204586828 204587985 chr2 204659563 204661096 6 chr2 204586828 204587985 chr2 204665531 204667029 5 chr2 204586828 204587985 chr2 204679643 204681853 7 chr2 204589964 204590270 chr2 204596856 204597178 5 chr2 204591261 204591965 chr2 204594955 204595646 6 chr2 204594196 204594892 chr2 204594955 204595646 56 chr2 204594196 204594892 chr2 204597179 204597860 5 chr2 204594196 204594892 chr2 204598004 204599151 9 chr2 204594196 204594892 chr2 204672370 204673572 5 chr2 204594196 204594892 chr2 204676122 204676817 5 chr2 204594955 204595646 chr2 204596033 204596816 6 chr2 204594955 204595646 chr2 204598004 204599151 5 chr2 204594955 204595646 chr2 204599152 204599791 6 chr2 204594955 204595646 chr2 204638879 204641238 6 chr2 204594955 204595646 chr2 204673635 204674755 5 chr2 204594955 204595646 chr2 204676122 204676817 5 chr2 204595647 204595995 chr2 204596033 204596816 90 chr2 204595647 204595995 chr2 204598004 204599151 7 chr2 204595647 204595995 chr2 204638879 204641238 6 chr2 204595647 204595995 chr2 204676818 204678073 6 chr2 204595647 204595995 chr2 204753329 204754961 5 chr2 204596033 204596816 chr2 204596856 204597178 157 chr2 204596033 204596816 chr2 204597179 204597860 10 chr2 204596033 204596816 chr2 204598004 204599151 5 chr2 204596033 204596816 chr2 204599152 204599791 8 chr2 204596033 204596816 chr2 204600893 204601909 6 chr2 204596033 204596816 chr2 204603125 204605151 7 chr2 204596033 204596816 chr2 204679643 204681853 6 chr2 204596856 204597178 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204596856 204597178 chr2 204623706 204626803 5 chr2 204597179 204597860 chr2 204598004 204599151 57 chr2 204597179 204597860 chr2 204600893 204601909 7 chr2 204597179 204597860 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204597179 204597860 chr2 204623706 204626803 6 chr2 204598004 204599151 chr2 204599792 204600233 6 chr2 204598004 204599151 chr2 204600893 204601909 6 chr2 204598004 204599151 chr2 204603125 204605151 10 chr2 204598004 204599151 chr2 204623706 204626803 5 chr2 204598004 204599151 chr2 204631813 204632450 5 chr2 204598004 204599151 chr2 204646121 204648206 8 chr2 204598004 204599151 chr2 204657367 204658161 6 chr2 204599152 204599791 chr2 204600893 204601909 6 chr2 204599152 204599791 chr2 204603125 204605151 14 chr2 204599792 204600233 chr2 204603125 204605151 6 chr2 204600893 204601909 chr2 204603125 204605151 8 chr2 204602176 204602892 chr2 204603125 204605151 16 chr2 204603125 204605151 chr2 204605293 204605394 30 chr2 204603125 204605151 chr2 204605395 204605533 10 chr2 204603125 204605151 chr2 204605534 204606061 8 chr2 204603125 204605151 chr2 204606062 204606636 7 chr2 204603125 204605151 chr2 204623706 204626803 9 chr2 204603125 204605151 chr2 204672370 204673572 6 chr2 204603125 204605151 chr2 204673635 204674755 7 chr2 204603125 204605151 chr2 204685291 204686078 6 chr2 204603125 204605151 chr2 204687233 204688323 6 chr2 204605293 204605394 chr2 204605534 204606061 31 chr2 204605395 204605533 chr2 204623706 204626803 6 chr2 204605534 204606061 chr2 204623706 204626803 5 chr2 204605534 204606061 chr2 204668903 204669485 5 chr2 204605534 204606061 chr2 205080358 205081361 6 chr2 204606062 204606636 chr2 204606735 204607067 36 chr2 204606062 204606636 chr2 204608570 204609319 5 chr2 204606062 204606636 chr2 204609551 204611005 7 chr2 204606062 204606636 chr2 204613517 204614511 6 chr2 204606062 204606636 chr2 204623706 204626803 6 chr2 204606062 204606636 chr2 204665531 204667029 7 chr2 204606735 204607067 chr2 204607081 204607227 70 chr2 204606735 204607067 chr2 204607228 204607406 26 chr2 204606735 204607067 chr2 204623706 204626803 6 chr2 204607081 204607227 chr2 204607407 204607594 19 chr2 204607081 204607227 chr2 204623706 204626803 5 chr2 204607595 204607813 chr2 204608026 204608211 15 chr2 204607814 204608009 chr2 204608026 204608211 13 chr2 204607814 204608009 chr2 204608212 204608372 14 chr2 204608026 204608211 chr2 204608373 204608569 39 chr2 204608026 204608211 chr2 204608570 204609319 9 chr2 204608026 204608211 chr2 204609551 204611005 6 chr2 204608212 204608372 chr2 204608570 204609319 41 chr2 204608373 204608569 chr2 205953053 205953580 5 chr2 204608570 204609319 chr2 204609551 204611005 19 chr2 204608570 204609319 chr2 204616468 204617221 5 chr2 204608570 204609319 chr2 204623706 204626803 10 chr2 204608570 204609319 chr2 204661097 204662607 8 chr2 204608570 204609319 chr2 204777479 204778264 5 chr2 204609551 204611005 chr2 204611229 204611668 15 chr2 204609551 204611005 chr2 204612695 204613176 6 chr2 204609551 204611005 chr2 204623706 204626803 11 chr2 204609551 204611005 chr2 204638879 204641238 6 chr2 204609551 204611005 chr2 204646121 204648206 5 chr2 204609551 204611005 chr2 204654784 204656414 6 chr2 204611006 204611228 chr2 204623706 204626803 7 BEDPE format.