Task

Example - Genomic coordinates

b22acadd-c037-4baf-b35b-07e82bcb0f02

Submitted at:	Aug. 4, 2024, 9:01 a.m.
Task status:	Error
Number of beads:	16686
Number of restraints:	87
Initial Structure type:	self-avoiding random walk
Excluded volume:	True
Refinement:	No
Stiffness:	10.0 kJ/mol/rad²
Beads per interaction:	191.793 beads/interaction
base pairs per interaction:	366 728 bp/interaction
Region:	chr2:204504943-237877230
Region length:	33 372 288 bp
Effective resolution:	2000 bp/bead
Title: Up to 255 characters Initial structure type: line circle self-avoiding random walk pure random walk baseball Stiffness: Values between 0 and 100 are suitable for most cases. Spherical container: Diameter of container in σ (bead diameter) units. Leave empty for modelling without this constraint. Refinement: May significantly extend computation time. Excluded volume: Check to include ev term Number of beads: The limits are: 5 - 2000 Resolution: Values between 1000 - 100 000 are usually reasonable and strongly depend on size of modelling region Restraints: Region: Genomic region in format chrN:xxx-yyy Interactions: chr2 204504943 204505453 chr2 205813273 205813773 3 chr2 204569321 204570698 chr2 204605109 204606380 8 chr2 204569488 204570699 chr2 204583327 204584837 9 chr2 204569753 204570463 chr2 204578278 204580021 7 chr2 204569833 204570448 chr2 204595008 204596349 4 chr2 204569837 204570701 chr2 204646674 204647703 4 chr2 204569960 204570701 chr2 204597177 204598383 5 chr2 204570775 204571647 chr2 204597101 204597938 6 chr2 204570767 204571706 chr2 204583795 204585376 8 chr2 204570767 204571706 chr2 204628157 204628837 3 chr2 204570777 204571706 chr2 204585583 204586910 6 chr2 204570777 204571706 chr2 204594635 204595766 4 chr2 204570777 204571706 chr2 204605109 204607328 23 chr2 204570782 204571706 chr2 204603849 204604847 5 chr2 204570782 204571706 chr2 204676010 204677058 5 chr2 204570788 204571706 chr2 204731915 204733165 3 chr2 204570814 204571707 chr2 204580194 204581173 5 chr2 204571155 204571705 chr2 204679648 204680260 4 chr2 204571205 204571705 chr2 205107965 205108477 11 chr2 204573414 204574268 chr2 208395022 208395522 4 chr2 204574250 204575167 chr2 204584221 204585112 5 chr2 204574620 204575556 chr2 204668563 204669334 3 chr2 204573410 204576867 chr2 204605209 204606971 24 chr2 204575326 204576449 chr2 204583784 204585755 9 chr2 204575489 204576429 chr2 204647055 204647703 3 chr2 204575908 204577313 chr2 204612589 204613957 4 chr2 204578575 204579083 chr2 204595260 204595760 6 chr2 204578392 204579670 chr2 204596662 204597545 4 chr2 204578580 204579583 chr2 204605203 204606367 6 chr2 204579806 204581119 chr2 204605346 204606510 12 chr2 204580282 204581018 chr2 204603926 204604426 3 chr2 204582227 204582916 chr2 204732267 204732990 3 chr2 204582418 204583693 chr2 204594628 204595764 5 chr2 204582234 204585825 chr2 204603811 204606971 36 chr2 204583837 204584341 chr2 204733019 204733649 3 chr2 204584070 204584570 chr2 204594337 204594839 3 chr2 204583708 204585413 chr2 204596997 204598103 9 chr2 204584772 204585741 chr2 204646766 204647704 4 chr2 204585893 204586881 chr2 204604294 204605101 8 chr2 204586396 204587829 chr2 204605454 204606354 5 chr2 204586407 204587840 chr2 204595014 204596208 7 chr2 204593983 204594483 chr2 204604539 204605075 4 chr2 204594627 204596369 chr2 204605295 204606685 18 chr2 204596997 204597899 chr2 204605109 204606370 6 chr2 204597051 204597912 chr2 204647105 204647706 3 chr2 204604548 204605093 chr2 204676029 204676529 5 chr2 204605152 204605964 chr2 207023761 207024261 4 chr2 204605109 204606380 chr2 204614721 204615791 8 chr2 204605200 204606380 chr2 204679648 204680678 6 chr2 204605442 204606361 chr2 204864770 204865562 3 chr2 204605444 204606366 chr2 204613543 204614720 4 chr2 204605444 204606374 chr2 204675660 204676853 5 chr2 204605546 204606380 chr2 204733445 204734839 5 chr2 204605861 204606413 chr2 204668548 204669602 4 chr2 204605866 204606604 chr2 204627734 204628535 4 chr2 204612448 204612948 chr2 208030274 208030793 6 chr2 204613238 204613783 chr2 204680066 204680566 12 chr2 204613295 204613855 chr2 204891566 204892066 5 chr2 204614687 204615377 chr2 204647205 204647705 4 chr2 204628035 204629425 chr2 204680059 204680697 6 chr2 204628840 204629340 chr2 204672597 204673134 8 chr2 204646791 204647291 chr2 208491592 208492115 14 chr2 204646439 204647706 chr2 204676039 204676939 6 chr2 204646778 204647579 chr2 204680075 204680694 7 chr2 204666795 204667503 chr2 204675811 204676542 3 chr2 204667544 204668246 chr2 204679960 204680667 3 chr2 204667746 204668284 chr2 204676103 204676628 3 chr2 204668680 204669180 chr2 204733340 204733883 3 chr2 204668467 204670204 chr2 204679648 204680690 13 chr2 204679864 204680697 chr2 204733750 204734927 3 chr2 204725849 204726638 chr2 204733963 204734839 4 chr2 204726038 204727082 chr2 204734868 204735410 7 chr2 204732308 204732808 chr2 237876710 237877230 5 chr2 204733925 204734651 chr2 204774642 204775271 3 chr2 204798311 204800088 chr2 204815230 204816939 15 chr2 204799211 204800194 chr2 204813643 204814597 5 chr2 204800861 204801489 chr2 204810675 204811331 3 chr2 204800854 204801806 chr2 204815848 204816987 8 chr2 204801019 204801837 chr2 204811378 204812127 5 chr2 204801420 204802243 chr2 219083353 219084240 4 chr2 204802451 204802978 chr2 204816442 204816943 5 chr2 204802215 204803428 chr2 204891834 204892499 3 chr2 204802527 204803438 chr2 207023756 207024668 4 chr2 204803854 204805438 chr2 204813643 204814546 5 chr2 204804296 204805356 chr2 204815606 204816316 5 chr2 204811098 204811632 chr2 231275047 231275547 13 chr2 204816020 204816987 chr2 204891560 204892495 3 chr2 204816055 204816987 chr2 204858437 204859096 3 chr2 204816282 204816987 chr2 204851515 204852090 4 chr2 204816487 204817270 chr2 204880333 204880930 3 chr2 204857868 204858577 chr2 204891560 204892617 5 BEDPE format.
Downloads
Initial structure Pseudo bonds for UCSF Chimera
Arc height is proportional to it's length.
Restraints 1 655 33 51 33 40 33 38 33 46 33 72 33 47 34 47 34 40 34 62 34 41 34 46 34 51 34 50 34 86 34 114 34 38 34 88 34 302 35 1946 35 40 36 83 36 51 36 40 36 72 36 55 37 46 38 47 38 51 38 50 39 114 40 46 40 51 40 115 40 45 40 47 41 72 41 50 42 51 42 46 45 50 46 51 47 51 47 72 50 86 51 1260 51 56 51 88 51 181 51 55 51 86 51 115 51 83 51 62 54 1763 55 88 55 194 56 72 62 88 63 84 72 1994 72 86 72 88 82 86 82 88 82 115 83 88 88 115 111 115 111 116 114 16687 115 136 148 156 148 155 149 154 149 156 149 7290 149 194 150 1260 150 155 150 156 154 13386 156 194 156 177 156 174 156 188 177 194
Interactions chr2 204504943 204505453 chr2 205813273 205813773 3 chr2 204569321 204570698 chr2 204605109 204606380 8 chr2 204569488 204570699 chr2 204583327 204584837 9 chr2 204569753 204570463 chr2 204578278 204580021 7 chr2 204569833 204570448 chr2 204595008 204596349 4 chr2 204569837 204570701 chr2 204646674 204647703 4 chr2 204569960 204570701 chr2 204597177 204598383 5 chr2 204570775 204571647 chr2 204597101 204597938 6 chr2 204570767 204571706 chr2 204583795 204585376 8 chr2 204570767 204571706 chr2 204628157 204628837 3 chr2 204570777 204571706 chr2 204585583 204586910 6 chr2 204570777 204571706 chr2 204594635 204595766 4 chr2 204570777 204571706 chr2 204605109 204607328 23 chr2 204570782 204571706 chr2 204603849 204604847 5 chr2 204570782 204571706 chr2 204676010 204677058 5 chr2 204570788 204571706 chr2 204731915 204733165 3 chr2 204570814 204571707 chr2 204580194 204581173 5 chr2 204571155 204571705 chr2 204679648 204680260 4 chr2 204571205 204571705 chr2 205107965 205108477 11 chr2 204573414 204574268 chr2 208395022 208395522 4 chr2 204574250 204575167 chr2 204584221 204585112 5 chr2 204574620 204575556 chr2 204668563 204669334 3 chr2 204573410 204576867 chr2 204605209 204606971 24 chr2 204575326 204576449 chr2 204583784 204585755 9 chr2 204575489 204576429 chr2 204647055 204647703 3 chr2 204575908 204577313 chr2 204612589 204613957 4 chr2 204578575 204579083 chr2 204595260 204595760 6 chr2 204578392 204579670 chr2 204596662 204597545 4 chr2 204578580 204579583 chr2 204605203 204606367 6 chr2 204579806 204581119 chr2 204605346 204606510 12 chr2 204580282 204581018 chr2 204603926 204604426 3 chr2 204582227 204582916 chr2 204732267 204732990 3 chr2 204582418 204583693 chr2 204594628 204595764 5 chr2 204582234 204585825 chr2 204603811 204606971 36 chr2 204583837 204584341 chr2 204733019 204733649 3 chr2 204584070 204584570 chr2 204594337 204594839 3 chr2 204583708 204585413 chr2 204596997 204598103 9 chr2 204584772 204585741 chr2 204646766 204647704 4 chr2 204585893 204586881 chr2 204604294 204605101 8 chr2 204586396 204587829 chr2 204605454 204606354 5 chr2 204586407 204587840 chr2 204595014 204596208 7 chr2 204593983 204594483 chr2 204604539 204605075 4 chr2 204594627 204596369 chr2 204605295 204606685 18 chr2 204596997 204597899 chr2 204605109 204606370 6 chr2 204597051 204597912 chr2 204647105 204647706 3 chr2 204604548 204605093 chr2 204676029 204676529 5 chr2 204605152 204605964 chr2 207023761 207024261 4 chr2 204605109 204606380 chr2 204614721 204615791 8 chr2 204605200 204606380 chr2 204679648 204680678 6 chr2 204605442 204606361 chr2 204864770 204865562 3 chr2 204605444 204606366 chr2 204613543 204614720 4 chr2 204605444 204606374 chr2 204675660 204676853 5 chr2 204605546 204606380 chr2 204733445 204734839 5 chr2 204605861 204606413 chr2 204668548 204669602 4 chr2 204605866 204606604 chr2 204627734 204628535 4 chr2 204612448 204612948 chr2 208030274 208030793 6 chr2 204613238 204613783 chr2 204680066 204680566 12 chr2 204613295 204613855 chr2 204891566 204892066 5 chr2 204614687 204615377 chr2 204647205 204647705 4 chr2 204628035 204629425 chr2 204680059 204680697 6 chr2 204628840 204629340 chr2 204672597 204673134 8 chr2 204646791 204647291 chr2 208491592 208492115 14 chr2 204646439 204647706 chr2 204676039 204676939 6 chr2 204646778 204647579 chr2 204680075 204680694 7 chr2 204666795 204667503 chr2 204675811 204676542 3 chr2 204667544 204668246 chr2 204679960 204680667 3 chr2 204667746 204668284 chr2 204676103 204676628 3 chr2 204668680 204669180 chr2 204733340 204733883 3 chr2 204668467 204670204 chr2 204679648 204680690 13 chr2 204679864 204680697 chr2 204733750 204734927 3 chr2 204725849 204726638 chr2 204733963 204734839 4 chr2 204726038 204727082 chr2 204734868 204735410 7 chr2 204732308 204732808 chr2 237876710 237877230 5 chr2 204733925 204734651 chr2 204774642 204775271 3 chr2 204798311 204800088 chr2 204815230 204816939 15 chr2 204799211 204800194 chr2 204813643 204814597 5 chr2 204800861 204801489 chr2 204810675 204811331 3 chr2 204800854 204801806 chr2 204815848 204816987 8 chr2 204801019 204801837 chr2 204811378 204812127 5 chr2 204801420 204802243 chr2 219083353 219084240 4 chr2 204802451 204802978 chr2 204816442 204816943 5 chr2 204802215 204803428 chr2 204891834 204892499 3 chr2 204802527 204803438 chr2 207023756 207024668 4 chr2 204803854 204805438 chr2 204813643 204814546 5 chr2 204804296 204805356 chr2 204815606 204816316 5 chr2 204811098 204811632 chr2 231275047 231275547 13 chr2 204816020 204816987 chr2 204891560 204892495 3 chr2 204816055 204816987 chr2 204858437 204859096 3 chr2 204816282 204816987 chr2 204851515 204852090 4 chr2 204816487 204817270 chr2 204880333 204880930 3 chr2 204857868 204858577 chr2 204891560 204892617 5